Zwar lassen sich auf dem Apple IIGS sowohl das Apple DOS 3.3 und das später eingeführte ProDOS in seiner 8-Bitvariante nutzen, doch liegen dann alle IIGS-spezifischen Möglichkeiten weitgehend brach. Erste IIGS Modelle wurden mit einer erweiterten 16-Bit ProDOS Variante ausgeliefert, bekannt als ProDOS-16. Die ersten Versionen stellten reine Textkonsolen bereit und wurden nur durch grafische Shells aufgepeppt.

Dies sollte erst im September 1988 entscheidend verbessern, als Apple das neue Betriebssystem GS/OS (schon als Version 4.0) vorstellte. Viele der in ProDOS und dem Apple III Betriebssystem SOS vorhandenen Techniken waren in diese Neuentwicklung eingeflossen. Und: GS/OS brachte eine grafische Oberfläche mit, den Finder. Die Namensgleichheit zum Macintosh Betriebssystem kommt nicht von ungefähr, denn obwohl der Finder des GS/OS eine eigenständige Entwicklung darstellt, sind viele der vom Mac bekannten GUI Elemente auch in der GS/OS Variante vorhanden. GS/OS ist ein vergleichsweise modernes System, es kennt Treiber für Geräte, ein abstraktes Dateisystem mit verschiedenen „file system translators“ (FST) zum Zugriff auf unterschiedliche Dateisysteme und ein zentrales Drucksystem mit Treibern für unterschiedliche Drucker. Nicht nur die eingebauten Schnittstellen und Standardgeräte werden unterstützt, auch SCSI Schnittstellen und MIDI Ports lassen sich ansprechen. GS/OS ist zudem netzwerkfähig, denn es unterstützt AppleTalk über die vorhandene RS-422 Schnittstelle und bringt den IIGS in serielle Macintosh-Netze. Dieser Funktionsumfang fordert seinen Tribut bei den Systemressourcen- mindestens 512 kB und eine überarbeitete Firmware (ROM01) ist Einsatzvoraussetzung.

Als 1989 die verbesserte Version 5.0.2 auf den Markt kam, hatten auch neue, vom Macintosh entliehene Techniken wie Desktop-Accessoires und verbesserte SCSI Unterstützung Einzug gehalten. Die letzte veröffentlichte Version 6.0.1 erschien dann 1993. Sie kann mit Standarddialogen für viele GUI Aktionen, verbesserten Treibern, einem überarbeiteten Finder und deutlich erhöhter Geschwindigkeit aufwarten. Es werden nun auch PostScript Drucker unterstützt. GS/OS 6.0.1 fühlt sich auch heute noch „modern“ an- das „look & feel“ entspricht dem des Macintosh System 7. Umsonst ist dieser Komfort nicht- mindestens 1,25 MB RAM sind Bedingung, also mindestens eine 1 MB Speichererweiterung im Memory Slot. GS/OS 6.0.1 ist heute kostenfrei von Apple verfügbar und kann in Form von Diskimages heruntergeladen werden (siehe ).

GS/OS 6.0.1 sollte ursprünglich eine Ethernet-Unterstützung bieten, doch fehlte diese in der veröffentlichten Version. Auch die Apple Ethernetkarte ist niemals erschienen. Dennoch muss niemand heute auf Ethernet im Apple IIGS verzichten. Mit der Uthernetkarte steht ein Ethernet-Interface mit RJ-45 Anschluss bereit. Einen Nutzen daraus zieht man jedoch erst mit Einsatz von Marinetti (), einem IP- und TCP/UDP Protokollstack für GS/OS ab Version 5, deren aktuelle Version 3.0 b3 im Juli 2006 erschien. Es funktioniert mit einem seriellen Kabel (Nullmodemkabel) und kann per PPP Protokoll einen entsprechenden Server auf einem PC z.B. unter Linux ansprechen. Für Marinetti aber auch ein Link Layer Treiber bereit, der die Uthernetkarte unterstützt. Dies bringt den Apple IIGS deutlich performanter an ein IP-Netz und das Internet. Sinnvoll ist das besonders für Datentransfer mittels FTP und die Nutzung von Druckern. SAFE2 ist ein brauchbarer FTP GUI-Client, Treehugger () ermöglicht es, HP JetDirect Druckerserver anzusprechen. Vorsichtige Gehversuche in das World Wide Web ermöglicht Arachnid, jedoch ist dieses Projekt nicht über die Version hinausgekommen. Jenseits einfachster HTML Seiten ist ein Absturz der Software sehr wahrscheinlich.

Als die damals noch junge Firma Apple Inc. im Sommer 1977 den Apple II Computer vorstellte, war der Grundstein für eine bis dahin beispiellose Erfolgsgeschichte gelegt. Das solide Hardware-Design basierend auf dem 8-Bit Prozessor MOS 6502, die vielfachen Erweiterungsmöglichkeiten und besonders die konsequente Modellpflege machten die Apple II-Familie über mehr als eineinhalb Jahrzehnte hinweg erfolgreich. Dem ursprünglichen Apple II folgte 1979 der Apple II plus, 1983 der Apple //e, 1984 das Kompaktmodell Apple //c und schliesslich als letztes und am weitesten entwickelte Modell der Apple IIGS. GS steht hierbei für „Graphics“ und „Sound“.

Dieses Modell war das letzte, an dessen Entwicklung der Apple-Mitbegründer Steve Wozniak selbst beteiligt war. Wozniak hatte Apple 1981 verübergehend verlassen, um sich seiner akademischen Laufbahn zu widmen. Nach seiner Rückkehr im Jahr 1983 widmete er sich dem damals neu erschienenen 65816 Prozessor, ein Hybridprozessor mit einem 8-Bit und einem 16-Bit Modus. Im 8-Bit Modus war diese CPU kompatibel zum ursprünglichen Prozessor des Apple II. Wozniak schwebte ein Hardware-Design eines „Apple IIx“ vor, das den Apple II für die damals neue 16-Bit Welt öffnen sollte. Leider machten technische Schwierigkeiten bei den ersten Prozessor-Prototypen, aber auch immer höher gesteckte Projektziele die Entwicklung schwierig. Im Frühjahr 1984 schliesslich wurde das Projekt abgebrochen, der Apple IIx verschwand in der Versenkung und Apple und auch Steve Wozniak widmete sich vorrangig dem Macintosh.

Die klassische Apple II-Linie wurde parallel weitergeführt, im Sommer wurde der Apple //c als kompaktes und geschlossenes System vorgestellt. Es wurde vom Start weg ein grosser Erfolg, was selbst Apple überraschte und die einseitige Orientierung auf den Macintosh aufweichte. Es wurde auch über eine Neuauflage eines 16-Bit Apple II Systems nachgedacht und schliesslich mit dem Projekt „Phoenix“ initiiert. Das Projekt nahm rasch Fahrt auf, Wozniak und sein Team erarbeiteten ein solides Design. Im Frühjahr 1986 wurde auch die Fachpresse aufmerksam, Insider-Magazine wie „Peeker“, aber auch das Magazin „Chip“ trugen Gerüchte über den neuen „Super-Apple“ weiter. Im September 1986 stellte Apple dann den IIGS offiziell vor. Technische Schwierigkeiten bei den extra für den IIGS entwickelten Custom Chips sorgten zunächst für einen Fehlstart bei der Markteinführung. Erst 1987 war dann endlich ein funktionierendes Serienmodell in ordentlicher Stückzahl verfügbar, in Deutschland kostete das Paket mit Tastatur, Maus, 5 1/4 Zoll Diskettenlaufwerk und RGB Monitor knapp 4.400 DM (ca. € 2.200 ).

Der Käufer erhielt dafür ein System mit ordentlichen, aber im Vergleich zu anderen Systemen nicht überragenden Leistungsdaten. Hier hatte der Commodore AMIGA die Messlatte inzwischen deutlich höher gelegt als noch 1983 zu Zeiten des Apple IIx Projekts. Aufgrund der hohen Kompatibilität zu bestehender Software und Hardware zur Apple II Linie erfreute der IIGS daher hauptsächlich treue Altanwender. Für diese war der IIGS als ein rundherum verbessertes System tatsächlich eine kleine Sensation, übertraf er doch die bisherigen Modelle in allen Bereichen deutlich. Übrigens mussten Apple //e- Besitzer keinen vollständigen Neukauf erwägen, sondern konnten ihre vorhandenen Geräte umrüsten lassen. Apple-Händler tauschten das Motherboard eines //e gegen ein passenden IIGS-Board aus. Man erhielt so einen IIGS enhanced- Rechner. Diese Option ist auch die Ursache dafür, das Platinen von Speicherkarten und überlangen Erweiterungskarten am vorderen Ende immer abgeschrägt sind. Nur so passen diese Karten auch in einen umgerüsteten //e.

Was hat der IIGS denn nun zu bieten? Zunächst ist da der vergrösserte Arbeitsspeicher: Er lässt sich auf 8 Mbyte RAM ausbauen, wobei die ersten 128 Kbytes als „slow RAM“ genauso wie bei älteren Modellen organisiert sind. 256 kBytes stecken als Chips auf dem Mainboard, weiterer Speicher erfordert Steckkarten in einen separaten Memoryslot. Bei der Text- und Grafikausgabe stehen die bekannten 40- und 80-Zeichenmodi sowie die LoRes- und Hiresgrafikmodi bereit. Ein speziell entwickelter Video Graphics Controller Chip (VCG) fasst zweimal 16 kBytes des Arbeitsspeichers zu einem 32 Kbyte-grossen Block zusammen. So lassen sich zusätzlich Grafikauflösungen von 320×200 Pixeln in einer 16 Farbpalette und 640×200 Pixel in einer 4 Farbpalette pro Zeile darstellen. Je Zeile kann eine eigene Farbpalette verwendet werden, insgesamt stehen für diese Paletten 4096 verschiedene Farben zur Verfügung. Zum Vergleich: der Macintosh als Flaggschiff Apples konnte im gleichen Jahr nur Schwarzweiss-Grafik. Die Ansteuerung dieser Farbgrafik erleichtern Routinen der Firmware, die QuickDraw II Funktionen. Die Ähnlichkeit zum Macintosh ist nicht zufällig: Nach dem Weggang von Steve Jobs legte Apple die Entwicklungsabteilung des IIGS mit der Macintosh-Entwicklung zusammen, beide Teams arbeiteten fruchtbar zusammen. Aber der IIGS kann sich nicht nur sehen- sondern auch hören lassen- und das dank des bereits im Miracle Sound Synthesizer verbauten Soundchips von Ensoniq in 15 gleichzeitigen Stimmen, allerdings in Mono. Das System zeigt sich nach aussen hin sehr offen: zwei serielle Schnittstelle, ein Mausport, ein Smart Port für Diskettenlaufwerke (dieser war mit dem //c vorgestellt worden) und ein mit dem Macintosh eingeführter AppleTalk Anschluss machten Steckkarten für die meisten Anwender überflüssig. Auch bei der Tastatur profitierte der IIGS vom Mac: Zum Anschluss wird der Apple Desktop Bus (ADB) verwendet. Mäuse und Tastaturen vom Macintosh laufen dadurch auch am IIGS.

Die Weiterentwicklung der IIGS Hardware ging im Gegensatz zur Softwareentwicklung nur zögerlich voran. Im August 1989 erschien eine neue Firmware-Version (ROM03), weitere Verbesserungen liessen sich nicht ausmachen. Das Ende des Apple IIGS kam dann im Dezember 1993. Zwar war ein runderneuerter Apple IIGS in der Entwicklung, der standardmässig SCSI Festplatten und PS/2 SIMM Bausteine als Speicher unterstützen sollte, dieser kam aber nicht aus dem Experimentierstadium. Stattdessen verschwand der IIGS still und leise von den Preisblättern, die Apple II Linie wurde als nicht mehr zeitgemäß erachtet. Einige Jahre danach folgte nach der Rückkehr von Steve Jobs auch das Ende der Regenbogenfarben im Apple Logo.